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OsteoBase : un site web pour l'exploration ostéologique


Notre équipe est impliquée dans le projet OsteoBase, un outil en ligne sur internet (http://www.mnhn.fr/osteo/osteobase) qui permet d’explorer l’ostéologie de façon interactive. Le principe est le suivant : partant d’une image de squelette — en l’occurrence celui d'une perche commune (Perca fluviatilis, percidés), relativement caractéristique de l’ensemble des « poissons » — , l’utilisateur sélectionne une zone du squelette (Fig. 1) pour parvenir au choix d’un os (Fig. 2), et il accède alors à des photos de cet os prises chez différentes espèces (Fig.3).



Exploration du squelette
Figure 1 : Exploration du squelette. En survolant ce squelette avec la souris, les régions sélectionnables se colorent en rouge (ici, le crâne). En cliquant dessus, l'exploration continue.

Un avantage de cet outil est qu’il permet d’explorer l’intégralité du squelette par simple survol et clic des images. Cela n’impose donc pas à l’utilisateur de connaître le nom des os et fait d’OsteoBase un outil pédagogique pour apprendre l’ostéologie. Au fur et à mesure qu’il explore le squelette, l’utilisateur novice est amené à apprendre le nom des os qui le compose (Fig. 2) et à observer les multiples formes qu’un même os peut prendre chez différentes espèces (Fig. 3).


Exploration du crâne
Figure 2 : Exploration du crâne. Comme précédemment, l'utilisateur peut choisir un os sur le dessin (ici, survol du dentaire).


Accès aux photos d'un os
Figure 3 : Accès aux photos d'un os (ici, le dentaire). Ces photos sont classées par famille (en ligne) et par angle de vue (en colonne).
Pour changer d’os, l’utilisateur peut utiliser l'image de crâne ou le menu déroulant, tous deux situés en haut de la page, de part et d'autre du titre.

D’ailleurs, c’est tout l’enjeu de cet outil : observer et comparer un os donné chez différentes espèces, le but étant de parvenir à identifier l’espèce à laquelle cet os appartient.

Pour ce faire, les scientifiques ont recours aux collections ostéologiques car elles fournissent des squelettes de référence pour lesquels on dispose d’informations importantes, telles que la longueur du spécimen, son lieu et sa date de collecte, le nom de la personne qui l’a identifié, etc. Par comparaison des pièces osseuses à identifier aux squelettes en collection, les chercheurs peuvent parvenir à déterminer l’espèce en question.


Figure 4 : Dentaire de Lutjanus argentiventris (vue latérale)
et informations associées.

Grâce à un outil comme OsteoBase, on a créé une collection virtuelle en ligne. Tous les os photographiés sur ce site proviennent de collections scientifiques : les informations associées aux os sont donc connues et accessibles (Fig. 4).
Ces photos sont affichables par taxon (Fig. 3, à gauche: taxons disponibles en vert) pour observer simultanément les os d'une espèce. Mais l'intérêt majeur de cet outil est l'affichage des photos par os : il offre la possibilité de comparer un os donné chez différents taxons. OsteoBase constitue ainsi un site web d'ostéologie comparée et par conséquent un outil d’identification ostéologique.
Bien évidemment, des photos ne remplacent pas l’observation directe des os en collection, mais elles sont suffisantes pour procéder à des identifications basiques (identification de la famille ou du genre, pas nécessairement de l’espèce), sans avoir à visiter une collection à l’autre bout du monde.
De plus, ces photos donnent au phylogénéticien l'opportunité d'observer les caractéristiques d'un os pour une espèce donnée, caractéristiques qui peuvent lui permettre de coder des états de caractères et de compléter des matrices. Ce site constitue donc une base de données utile pour le phylogénéticien.



Contexte

Le projet OsteoBase est né de la collaboration de scientifiques de différents horizons (archéozoologie, ichtyologie, informatique et systématique) et de différentes institutions (Muséum national d’Histoire naturelle, Centre national de la recherche scientifique, Université Pierre et Marie Curie, WorldFish Center). L’objectif est d’insérer cet outil dans le site de FishBase, un système d’information global sur les « poissons » qui contient presque toutes les espèces actuelles connues à ce jour. Grâce à sa base de données internationale, FishBase permet l’accès à toutes sortes d’informations, allant de la taxonomie à l’écologie, en passant par des données de pêcheries ou des références bibliographiques, mais pas encore d’ostéologie. C'est ce qu'OsteoBase tente de combler.
Cet outil est pour le moment un prototype contenant 8 espèces d'acanthomorphes et se focalisant sur l’ostéologie du crâne. Grâce au soutien de notre équipe, la colonne vertébrale ainsi que deux nouvelles espèces de scombridés seront très prochainement accessibles.