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The Digital Fish Library: une mine ... à étayer


Par Bruno - Posté le 01 octobre 2011

Depuis quelques années, The National Science Foundation a développé un projet The Digital Fish Library (DFL) à l’Université de Californie à San Diego. Il consiste en la construction d’une base de données d’images de « poissons » en IRM. Celles-ci sont consultables en ligne à http://www.digitalfishlibrary.org/about/. Il s’agit à la fois de présenter et d’explorer l’anatomie interne de ces animaux en utilisant les apports de cette technique moderne et non invasive d’imagerie médicale. L’organisation des organes de 274 espèces de « poissons », appartenant à 194 familles, 56 ordres et 5 classes y est ainsi exposée à ce jour.

 
De la coryphène à la chimère en passant par le poisson lune (Fig.1) et de multiples espèces de chondrichtyens et actinoptérygiens, on a le tournis face à la diversité taxonomique et anatomique.
 
Figure 1. Coupe parasagittale virtuelle de poisson lune (Mola mola, molidés) réalisée par IRM, image consultable à http://www.digitalfishlibrary.org/about/
 
 

Cependant, si les documents délivrés sont impressionnants, ils ne sont exploitables qu’avec peine. Quiconque a jeté un œil, ne serait-ce, sur une échographie humaine, comprendra qu’un apprentissage de lecture et d’ « éducation » des yeux est nécessaire. Les images en question ne sont aucunement légendées* et ne sont pas si faciles à déchiffrer. Ensuite, les indications des paramètres techniques sont indigentes ou pour le moins incomplètes. Les spécimens consultés sont-ils frais ou conservés dans l’alcool *? Quels ont été les paramètres de pondération (T1 versus T2 ?) utilisés dans le traitement des images ? Des travaux récents ont montré que la connaissance du type de spécimen étudié ainsi que du paramétrage est importante pour identifier certaines structures (notamment afin de savoir si les cavités internes sont remplies d’air ou de liquide, par exemple).

 *: certaines précisions ont été ajoutées dernièrement (edit du 22/11/2012).

The Digital Fish Library représente une avancée certaine en termes de techniques d’investigation et de diffusion de connaissances anatomiques par le biais d’une approche et d’un médium modernes. Cette base de données constitue une mine de données, mais comme pour toute mine, fut-elle d’or ou de platine, il s’agit d’en inspecter, entretenir et étayer les bases, les « boiseries », afin que les pépites et les filons, c'est-à-dire les informations recelées, soient réellement et complètement exploitables. Ce n’est pas encore totalement le cas.

  
SFI-Infos, 58-59 :14.

Pour en savoir plus :
 
Chanet, B. et al. (2009). No need to open the jar: a comparative study of Magnetic Resonance Imaging results on fresh and alcohol preserved common carps (Cyprinus carpio (L. 1758), Cyprinidae, Actinopterygians). C. R. Biologies, 332(4):413–419.
Chanet, B. et C. Guintard (2012). Proposition for a protocol for anatomical studies on collections specimens by Magnetic Resonance Imaging. C. R. Biologies, 335(1): 77-79.
Chanet, B. et al. (2012). Visceral anatomy of ocean sunfish (Mola mola (L. 1758), Molidae, Tetraodontiformes) and anglerfish (Lophius piscatorius (L. 1758), Lophiidae, Lophiiformes)  investigated by modern imaging techniques. C. R. Biologies, 335(12):744-752.